Het Alfrink College wordt geleid door de rector. De school kent een kerndirectie en een afdelingsmanagement. De kerndirectie bestaat uit de rector en drie conrectoren, die verantwoordelijk zijn voor beleidsvoorbereiding en het algemeen beleid. Het afdelingsmanagement wordt gevormd door de afdelingsleiders, die ieder verantwoordelijk zijn voor de dagelijkse gang van zaken in hun afdeling op het gebied van onderwijs en begeleiding. De afdelingsleiders worden bijgestaan door jaarcoördinatoren, die een aantal administratieve en organisatorische taken uitvoeren in hun afdeling. Afdelingsleiders en jaarcoördinatoren vervangen elkaar bij afwezigheid.