In augustus 1999 is de Tweede Fase gestart. In de bovenbouw kiezen de leerlingen nu voor een profiel, en niet – zoals vroeger – voor aparte vakken. Er zijn vier profielen: Economie en Maatschappij, Cultuur en Maatschappij, Natuur en Techniek en Natuur en Gezondheid. Elk profiel geeft toegang tot bepaalde vervolgopleidingen.

Met ingang van de vernieuwde Tweede Fase (2007) kiezen zowel havo- als vwo-leerlingen  aan het eind van klas 3 hun examenprofiel en hun vak in de vrije ruimte. De belangrijkste kenmerken van de vernieuwde Tweede Fase zijn: het verdwijnen van de deelvakken, het gelijktrekken van het aantal vakken per profiel en een eenvoudiger en eerlijker zak-slaag-regeling.

Wij stimuleren een actieve en zelfstandige houding van de leerlingen. Wij proberen hierbij de basisvorming en de Tweede Fase zo goed mogelijk op elkaar te laten aansluiten. Een goede organisatie en begeleiding zijn ook in de Tweede Fase uitgangspunt voor onze lesprogramma’s. Wij zorgen regelmatig voor informatie over de Tweede Fase voor leerlingen en ouders, onder andere d.m.v. informatieavonden. Ook leerlingen worden bij een aantal van deze avonden betrokken.